Proje başvurularının değerlendirilme süreci Yükseköğretim Yürütme Kurulu'nun 20.04.2022 tarih ve 2022-16 sayılı toplantısında kabul edilen, “Araştırma Üniversiteleri Destek Programına İlişkin Usul ve Esaslar” çerçevesinde yürütülür.

1. Proje başvuruları BAP Komisyonunun değerlendirmesinin ardından BAP Komisyonu görüşleri ile birlikte Rektörlük Makamına önerilir.

2. Rektörlük Makamı tarafından, taslak bütçe tavanı ve "Araştırma Üniversiteleri Performans İzleme Kriterleri" çerçevesinde yapılan değerlendirme ve önceliklendirmenin ardından seçilen projeler YÖK'e gönderilir. YÖK, gerekli gördüğü durumlarda proje başvuruları için revizyon talebinde bulunabilir.

3. Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığı (CBSBB) tarafından bütçe tahsis edilmesinin ardından desteklenmesi uygun bulunan projeler yürürlüğe girer.